Na terenie parafii archikatedralnej znajduje się 9 kościołów lub kaplic duszpastersko aktywnych, które jednak nie są samodzielnymi parafiami i dlatego podlegają administracyjnie Bazylice Archikatedralnej. Te obiekty sakralne, kościoły są ogólnie określane jako rektorskie. Topograficznie znajdziemy je: przy Starym i Nowym Mieście, Krakowskim Przedmieściu, a także przy Pl. Teatralnym.
- kościół seminaryjny: pw. Wniebowzięcia NMP i św. Józefa Oblubieńca
ul. Krakowskie Przedmieście 52/54; tel. 22 55 66 100 - kościół akademicki św. Anny
ul. Krakowskie Przedmieście 68; tel. 22 826 89 91 www.swanna.waw.pl - kościół Duszpasterstwa Środowisk Twórczych
pl. Teatralny 18 tel. 022 829 00 16 www.dst.mkw.pl - kaplica „Res Sacra Miser” pw. Niepokalanego Poczęcia NMP
ul. Krakowskie Przedmieście 62; tel. 22 635 41 31 - kościół Ojców Jezuitów pw. Matki Bożej Łaskawej
ul. Świętojanska 10; tel. 22 831 16 75 - kościół Ojców Kapucynów pw. Przemienienia Pańskiego
ul. Miodowa 13; tel. 22 831 31 09 - kościół Ojców Paulinów pw. Świętego Ducha
ul. Długa 3; tel. 22 635 62 52 - kościół sióstr Franciszkanek Służebnic Krzyża pw. św. Marcina
ul. Piwna 9/11; tel. 22 831 02 21
