Chór został założony w 1990 roku przez dyrygenta Josepha A. Hertera, Ryszarda Gierosa i Alfreda Stefankiewicza. Prawie od początku działalności związany jest z Bazyliką Archikatedralną św. Jana Chrzciciela w Warszawie. W pierwszym okresie działał jako chór chłopięcy. Cantores Minores koncertował w ponad dwudziestu krajach. Był nagradzany na wielu międzynarodowych festiwalach i konkursach.

Od 2016 roku prowadzony jest przez Franciszka Kubickiego, we współpracy z Jakubem Szafrańskim – sprawującym funkcję drugiego dyrygenta.

W ostatnich latach zespół odniósł kilka znaczących sukcesów, m.in.:

 I nagroda na 12. Międzynarodowym Konkursie Varsovia Cantat (2016)
 Grand Prix oraz I miejsce na Festiwalu Pieśni Sakralnej w Grójcu (2017,2018,
2019)
 II nagroda na Międzynarodowym Konkursie Cracovia Cantans (2017)
 Grand Prix oraz I miejsce na 4. Międzynarodowym Konkursie Chóralnym
Carmen Fidei w Łomży (2017)
 I nagroda (Złoty dyplom) w kategorii chórów kameralnych na 27. Festiwalu
Pieśni Adwentowych i Bożonarodzeniowych w Pradze (2017)
 I nagroda na Międzynarodowym Festiwalu Pieśni Religijnej i Patriotycznej
Sacrosong w Otwocku (2018)
 Złoty i srebrny dyplom na 5. Międzynarodowym Konkursie Chóralnym „Cantu
Gaudeamus” w Białymstoku (2021)
 Grand Prix oraz Złoty dyplom na VII Ogólnopolskim Konkursie Muzyki
Sakralnej „Nadzieja w Chórze” w Tykocinie (2024)

Zespół ma w swoim repertuarze utwory o zróżnicowanym charakterze – chorał gregoriański, kompozycje wielogłosowe a cappella oraz z akompaniamentem. Wykonuje utwory sakralne (pieśni wielkopostne, pasyjne, adwentowe, kolędy), pieśni
patriotyczne i popularne. Chór występuje podczas uroczystości religijnych, imprez kulturalnych oraz innych wydarzeń.