Chór został założony w 1990 roku przez dyrygenta Josepha A. Hertera, Ryszarda Gierosa i Alfreda Stefankiewicza. Prawie od początku działalności związany jest z Bazyliką Archikatedralną św. Jana Chrzciciela w Warszawie. W pierwszym okresie – jako chór chłopięcy – brał udział w wielu programach telewizyjnych i przedstawieniach teatralnych oraz występował z orkiestrami symfonicznymi w Polsce i zagranicą. Cantores Minores koncertował w ponad dwudziestu krajach. Był nagradzany na wielu międzynarodowych festiwalach i konkursach.
Obecnie chór prowadzony jest przez Franciszka Kubickiego, we współpracy z Jakubem Szafrańskim, sprawującym funkcję drugiego dyrygenta.

W ostatnich latach zespół odniósł kilka znaczących sukcesów, m.in.:
– I nagroda na 12. Międzynarodowym Konkursie Varsovia Cantat (2016);
– Grand Prix oraz I miejsce na Festiwalu Pieśni Sakralnej w Grójcu (2017, 2018, 2019);
– II nagroda na Międzynarodowym Konkursie Cracovia Cantans (2017);
– Grand Prix oraz I miejsce na 4. Międzynarodowym Konkursie Chóralnym Carmen Fidei w Łomży (2017);
– I nagroda (Złoty dyplom) w kategorii chórów kameralnych na 27. Festiwalu Pieśni Adwentowych i Bożonarodzeniowych w Pradze (2017);
– I nagroda na Międzynarodowym Festiwalu Pieśni Religijnej i Patriotycznej Sacrosong w Otwocku (2018);
– Złoty i srebrny dyplom na 5. Międzynarodowym Konkursie Chóralnym „Cantu Gaudeamus” w Białymstoku (2021).

Zespół ma w swoim repertuarze utwory o zróżnicowanym charakterze – chorał gregoriański, kompozycje wielogłosowe a cappella oraz z akompaniamentem.
Wykonuje utwory sakralne (pieśni wielkopostne, pasyjne, adwentowe, kolędy), pieśni patriotyczne i popularne.

Chór występuje podczas uroczystości religijnych, imprez kulturalnych oraz innych wydarzeń.

Cantores Minores jest współzałożycielem polskiej sekcji Międzynarodowej Federacji Chórów Pueri Cantores.
W roku 2018 chór wydał płytę z kolędami (CM 001), a w 2020 – jubileuszowy album „Cantores Minores – 30 lat” (CM 002).