Początki dziejów bazyliki archikatedralnej pod wezwaniem Męczeństwa Świętego Jana Chrzciciela. Hipotezy badaczy wskazują różne daty w ciągu XIII wieku – przyporządkowane decyzjom panujących tutaj książąt z rodu Piastów mazowieckich, związanych lennem z Polską Koroną.
Pierwsza data dotycząca Katedry Warszawskiej konkretna i upamiętniona w dokumentach to rok 1339. Ówczesny warszawski kościół parafialny p.w. Ścięcia Św. Jana Chrzciciela stał się wtedy miejscem sprawowanego przez delegatów papieża Benedykta XII sądu, którego wyrok nakazał Krzyżakom oddać Polsce zrabowane ziemie i zapłacić odszkodowania.
Decyzją papieża Bonifacego IX warszawski kościół parafialny został podniesiony w latach 1398-1406 do godności kolegiaty. Stało się to dzięki staraniom biskupa Wojciecha Jastrzębca i księcia Janusza Starszego z rodu Piastów, który Warszawę uczynił stolicą swego księstwa i tu zbudował wielką murowaną świątynię.
Po śmierci ostatnich Piastów mazowieckich (których nagrobek znajduje się w Archikatedrze) Mazowsze włączono w roku 1526 do Korony Polskiej. Niedługo potem Jerzy Baryczka umieścił w kolegiacie krucyfiks cudownego Pana Jezusa.
Kolegiata św. Jana Chrzciciela nabierała coraz większego znaczenia. Pod koniec XVI wieku stała się jednym z najważniejszych kościołów Rzeczypospolitej Polskiej. Związana z Zamkiem Królewskim w Warszawie, była świadkiem wielu historycznych wydarzeń.
W XVII wieku gotycka świątynia została przebudowana w duchu baroku. Był to wówczas jeden z najbogatszych kościołów Polski, którego wnętrze wypełniały dzieła sztuki powstałe dzięki mecenatowi królów, szlachty i patrycjatu miejskiego. Ołtarz główny został ufundowany przez króla Zygmunta III Wazę w latach 1611-1618. Stalle, które ufundował Jan III Sobieski, przypominały zwycięską odsiecz wiedeńską w 1683 roku.
Wśród wielu znaczących chwil w dziejach świątyni wymienia się koronację króla Stanisława Leszczyńskiego w roku 1705 i koronację króla Stanisława Augusta Poniatowskiego w roku 1764. Szczególne jednak znaczenie miał fakt zaprzysiężenia tutaj Konstytucji 3 Maja w 1791 roku. Ta pierwsza w Europie, druga po Stanach Zjednoczonych Ameryki, ustawa zasadnicza stała się oparciem dla ducha narodu
w ciężkim okresie rozbiorów.
W roku 1798 świątynia została podniesiona do godności katedry, a w 1817 do godności archikatedry.
W pierwszej połowie XIX w. Adam Idźkowski przebudował archikatedrę w stylu neogotyku angielskiego. Ten kształt architektoniczny – utrwalony w wielu rysunkach, obrazach i fotografiach, stanowiący tło różnych wydarzeń związanych z radosnym okresem odzyskania niepodległości – przetrwał do drugiej wojny światowej.
Już we wrześniu 1939 roku Katedra Warszawska została uszkodzona przez bomby Luftwaffe i ostrzał artyleryjski.
„W 1944 roku podczas Powstania Warszawskiego. Katedra była terenem walki. Wojska powstańcze walczyły tutaj w obronie niemal każdego metra posadzki. Niemcy zdołali wprowadzić do archikatedry czołg naładowany materiałami wybuchowymi: wybuch zniszczył ogromną część budowli. Po upadku Powstania Warszawskiego. Vernichtungskommando ładunkami trotylu wysadziło w powietrze katedrę i zniszczyło 90% murów. Katedra Warszawska padła ofiarą nienawiści najeźdźcy, który w samej Stolicy wysadził w powietrze kilkadziesiąt największych świątyń.” (Stefan Kardynał Wyszyński List do Jana XXIII z prośbą o błogosławieństwo, 2 maja 1960 roku).
Kardynał August Hlond Prymas Polski – wśród ruin Stolicy – w dniu 30 maja 1946 roku w kazaniu podczas ingresu powiedział: „Odbudujcie Warszawę jako świętość narodu”. W 1947 roku powołał Radę Prymasowską Odbudowy Kościołów Warszawy, która także po jego nagłej śmierci w 1948 roku realizowała wznoszenie Katedry z gruzów. Rada działała pod przewodnictwem Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego; nie zaprzestała prac nawet w okresie jego uwięzienia.
Archikatedra została odbudowana z wielkim pietyzmem – w stylu gotyku mazowieckiego – według projektu Jana Zachwatowicza. Umieszczono w niej ocalałe zabytki, wśród nich arcydzieło rzeźby gotyckiej: figurę Chrystusa Ukrzyżowanego, otoczoną kultem ludu Warszawy. Jak przez wieki – Cudowny Chrystus jest w Kaplicy Baryczków, której mury przetrwały pośród ruin.
Precyzyjnie wykonano także konserwatorską rekonstrukcję innych zniszczonych zabytków: między nimi są tak cenne jak nagrobek ostatnich książąt mazowieckich czy pomnik poświęcony Stanisławowi Małachowskiemu, współtwórcy Konstytucji 3 Maja. Konsekracja odbudowanej archikatedry warszawskiej nastąpiła 9 czerwca 1960 roku. Dokonał jej kardynał Stefan Wyszyński Prymas Polski.
Całe wzniesione z wojennych gruzów warszawskie Stare Miasto – wraz z archikatedrą i Zamkiem Królewskim – zostało 1980 roku wpisane przez UNESCO na listę Światowego Dziedzictwa Kulturalnego. Nastąpiło to rychło po dniu, w którym Ojciec Święty Jan Paweł II powiedział w siedzibie tej organizacji w Paryżu pamiętne słowa, później powtórzone przez Niego w Warszawie: „Naród jest tą wielką wspólnotą ludzi, których łączą różne spoiwa, ale nade wszystko właśnie kultura. Naród istnieje z kultury i dla kultury.”
Tablica na frontonie świątyni przypomina: „Jan Paweł II Papież-Polak z tej Katedry rozpoczął pielgrzymkę po ziemi ojczystej 2.VI.1979”. Przemawiał wówczas Kardynał Stefan Wyszyński Prymas Polski : „Wita Ciebie, Ojcze Święty. Katedra Świętojańska, młodsza siostra królewskich katedr w Gnieźnie i na Wawelu.”
Prymas Tysiąclecia zmarł 28 maja 1981 roku. Podczas kolejnych pielgrzymek papież Jan Paweł II klękał przy jego grobowcu, tak jak powiedział w homilii w roku 1987: „Przybywam także, aby przyklęknąć u grobu zmarłego Prymasa Tysiąclecia, do którego wielu Rodaków przychodzi się modlić. Jest to z pewnością bardzo często modlitwa za Ojczyznę”.
W tymże roku 1987 – podczas trzeciej pielgrzymki Papieża-Polaka do Ojczyzny – w numerze specjalnym polskiego wydania „L’Osservatore Romano” zanotowano pod datą 8 czerwca: „Jan Paweł II przekroczył progi Katedry św. Jana Chrzciciela. Adoracja Najświętszego Sakramentu w kaplicy Baryczków. Krótka rozmowa – już w prezbiterium – z Matką Teresą z Kalkuty, która przybyła wraz z grupą polskich sióstr ze Zgromadzenia Misjonarek Miłości.”
W dniu 11 czerwca 1999 roku w archikatedrze – podczas zakończenia Drugiego Synodu Plenarnego – Ojciec Święty Jan Paweł II powiedział: „Bóg jest miłością i chrześcijaństwo jest religią miłości. Nowa ewangelizacja ma na celu doprowadzić ludzi do spotkania z tą Miłością.”
„W tym świętojańskim sanktuarium stolicy, które przed dwoma wiekami słyszało. Te Deum naszych przodków w dniu uchwalenia Konstytucji 3 Maja, stajemy dzisiaj… Niech ta sama prawda i mądrość, jaka wyraziła się w majowej Konstytucji, ukształtuje dalszą przyszłość Rzeczypospolitej w duchu sprawiedliwości i miłości społecznej…”
– Ojciec Święty Jan Paweł II,
katedra warszawska, 8 czerwca 1991 roku
